Глава Счетной палаты Российской Федерации Алексей Кудрин уверен, что национальные проекты не могут эффективно развиваться, так как национальная система управления косвенно препятствует любому развитию. Cложная иерархия уровней управления в настоящий момент полностью устарела. Она не просто ограничивает процесс развития проектов, но и всячески препятствует.
Глава Счетной палаты уверен, что установленные агрегаты в виде показателей по регионам являются зачастую слишком высокими, что в свою очередь, только тормозит развитие регионов.
Cпикер Совета Федерации Валентина Матвиенко раскритиковала методику распределения средств и их освоения, которые выделятся на осуществление национальных проектов. Более того, спикер уверена, что данное «полное безобразие» необходимо наконец остановить раз и навсегда.
Необходимо обеспечить прозрачность и «полную прослеживаемость движения средств». Только в таком случае, развитие регионов примет эффективный характер, а все средства буду направлены в нужное русло.